南普陀寺始建于唐末五代，初称泗洲院。北宋僧文翠改建称无尽岩。元代被毁。明初僧觉光重建，更名普照寺，住僧常达百余人。清初又毁于兵火。至清康熙二十二年（ 1683年），靖海候施琅收复台湾后驻镇厦门，捐资修复寺院旧观，又增建大悲阁供奉观音菩萨，更名为南普陀寺沿用至今。此后数百年来，经历代主持景峰、省己、喜参诸和尚多次重修扩建，至民国初年，已构成三殿七堂俱全的禅寺格局，成为近代闽南最具规模的名刹。